من مواليد 6/6/1958 في رام الله. أحد مؤسسي الشبيبة الطلابية في الضفة الغربية، وترأس حركتها في جامعة بيرزيت في بداية الثمانينيات، ورئيسا لاتحاد الطلاب. حاصل على بكالوريوس في التاريخ والعلوم السياسية من الجامعة نفسها ثم الماجستير في العلاقات الدولية.
بدأ البرغوثي نشاطه في سن مبكرة فمنذ أن كان في الرابعة عشرة من عمره استدعي للتحقيق مراراً من قبل المخابرات الإسرائيلية، وكان في المدرسة يقود المسيرات والاعتصامات الطلابية، وكان أول اعتقال رسمي له وهو في الخامسة عشرة من عمره حيث وجهت له تهمة صناعة المتفجرات وحكم عليه بالسجن أربع سنوات. وبعد خروجه من المعتقل والتحاقه بجامعة بيرزيت أصبح مسؤول حركة الشبيبة الطلابية، ومن ثم انتخب رئيسا لمجلس الطلبة في العامين 1984 و1985. وفي عام 1987 مع اندلاع انتفاضة الأقصى الأولى كان البرغوثي من قادة المظاهرات في جامعة بيرزيت فاعتقل في ذات العام ونفي إلى الأردن ومن ثم إلى تونس.
بعد عام من التوقيع على اتفاق أوسلو عاد البرغوثي إلى بلدته كوبر، وبدأ نشاطه السياسي حتى أصبح من أشد المروجين لأوسلو وفي مقدمة مطبعي اتفاقيات السلام فبدأ بالتقرب من اليسار الإسرائيلي ومجموعات السلام المختلفة بالدولة العبرية.
وكعضو في حركة فتح يؤكد البرغوثي على الأهداف السياسية وإستراتيجيات التنظيم، ويؤمن بأن المفاوضات يجب أن تستند إلى اتفاقات السلام، ويرفض تماماً سياسة تهويد القدس والاستيطان اليهودي، ويعتبر المستوطنات بؤرا إرهابية يجب على الفلسطينيين محاربتها، ويرفض اعتبار أبو ديس عاصمة للقدس.
أصبح البرغوثي عضوا مستقلا في اللجنة المركزية لمنظمة التحرير، وقد عمل عرفات على عدم وضعه على قائمة المرشحين في المجلس المحلي الفلسطيني، لكنه فاز بمقعد مستقل في رام الله. ويعتبر من المقربين من جبريل الرجوب وعلى علاقة جيدة بالجماعات الإسلامية، كما أنه يعتبر من المنتقدين لمركزية السلطة في شخصية الرئيس عرفات وقضايا الفساد المالي بين مسؤولي عرفات.
طالبت السلطات الإسرائيلية بتسليمه وحاولت اغتياله في 4 أغسطس/آب 2001. ويعتبر البرغوثي أي فلسطيني يساوم على حدود 1967 خائنا وأن هذا من شأنه تدمير الشعب الفلسطيني. وهو أحد قياديي انتفاضة الأقصى التي انطلقت شرارتها في سبتمبر/ أيلول 2000 ويؤكد من خلالها على ضرورة التوصل إلى حل عادل ونهائي ضمن بنود قرارات الأمم المتحدة.
وكان البرغوثي يؤكد حاجة عملية السلام إلى راع آخر غير الولايات المتحدة لانحيازها الكامل طوال عشر سنين إلى جانب إسرائيل.
وبعد نجاحه بالاختفاء لمدة ثلاثة أسابيع اعتقلته سلطات الاحتلال الإسرائيلي في 15 أبريل/نيسان 2002، وذلك عقب اجتياحها الأخير لرام الله ومناطق السلطة، وما زال يخضع للمحاكمة حيث تتهمه السلطات الإسرائيلية بالتخطيط لهجمات فدائية قام بها فلسطينيون إبان انتفاضة الأقصى كما تتهمه بقيادة كتائب الأقصى الجناح العسكري لحركة فتح، الأمر الذي ينفيه البرغوثي ويقول إنه زعيم سياسي يقاوم الاحتلال الإسرائيلي.